again a problem with netcdf

[Stephan]

Hello
i am working with three different PCS on each I have different problems with yambo.
PC1:

i configuere yambo succesfully

sudo ./configure --with-iotk='/usr/local/bin/espresso-5.1/S3DE/iotk/' --with-p2y='5.1' --with-netcdf-lib='/usr/lib' --with-netcdf-include='/usr/include'
checking for gcc... gcc
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables...
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep
checking for egrep... /bin/grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking malloc.h usability... yes
checking malloc.h presence... yes
checking for malloc.h... yes
checking for stdlib.h... (cached) yes
checking for unistd.h... (cached) yes
checking for string.h... (cached) yes
checking sys/time.h usability... yes
checking sys/time.h presence... yes
checking for sys/time.h... yes
checking for size_t... yes
checking for working alloca.h... yes
checking for alloca... yes
checking for an ANSI C-conforming const... yes
checking for inline... inline
checking for stdlib.h... (cached) yes
checking for GNU libc compatible malloc... yes
checking for stdlib.h... (cached) yes
checking for GNU libc compatible realloc... yes
checking whether lstat correctly handles trailing slash... yes
checking whether stat accepts an empty string... no
checking whether make sets $(MAKE)... yes
checking for gcc... (cached) gcc
checking whether we are using the GNU C compiler... (cached) yes
checking whether gcc accepts -g... (cached) yes
checking for gcc option to accept ISO C89... (cached) none needed
checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu
checking for vim... vim
checking for GNU make... make
checking for ar... ar
checking /usr/local/bin/espresso-5.1/S3DE/iotk/ IOTK library... yes
checking for xlf90... no
checking for f90... no
checking for pgf90... no
checking for pghpf... no
checking for epcf90... no
checking for gfortran... gfortran
checking whether we are using the GNU Fortran compiler... yes
checking whether gfortran accepts -g... yes
checking if the current OS is supported... yes
configure: WIDESETUP: using build_os="linux"
configure: WIDESETUP: using F90SUFFIX=".f90"
configure: WIDESETUP: using AR="ar"
configure: WIDESETUP: using AR_FLAGS="-ru"
checking for Fortran flag to compile .f90 files... none
checking for gfortran version... unknown
checking for specific gfortran flags... -O3 -mtune=native
checking for specific gcc flags... -g -O2
checking for specific unoptimized flags... -O0 -mtune=native
checking how to get verbose linking output from gfortran... -v
checking for Fortran libraries of gfortran... -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8 -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8/../../../x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8/../../../../lib -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/usr/lib/../lib -L/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.8/../../.. -lgfortran -lm -lquadmath
checking for dummy main to link with Fortran libraries... none
checking for Fortran name-mangling scheme... lower case, underscore, no extra underscore
checking for external C routine (test) naming scheme... test_
checking for Fortran flag needed to accept free-form source... none
checking fortran 90 modules inclusion flag... -I
configure: testing preprocessor gcc -E -P
checking if precompiler works on C source... yes
checking if precompiler works on F90 source... yes
checking whether we are using the GNU Fortran 77 compiler... yes
checking whether gfortran accepts -g... yes
checking if Fortran 77 compiler gfortran works... yes
checking for mpif90... mpif90
checking for MPI_Init... no
checking for MPI_Init in -lmpi... yes
checking for a working mpif.h... yes
checking for mpicc... mpicc
checking for a working mpi.h... yes
checking for FFTW... no
checking for NetCDF in /usr/lib... yes
checking the configuration of the LIBXC internal library... yes
configure: creating ./config.status
config.status: creating config/setup
config.status: creating config/Makefile
config.status: creating config/report
config.status: creating src/wf_and_fft/sgfft.F
config.status: creating sbin/make_makefile.sh
config.status: creating sbin/make_message.pl
config.status: creating sbin/objects_debug.sh
config.status: creating driver/codever.h
config.status: creating driver/editor.h
config.status: creating src/external_c/.objects

#
# [VER] 3.4.1 r.3187
#
# [SYS] linux@x86_64
# [SRC] /usr/local/bin/yambo-3.4.1
# [BIN] /usr/local/bin/yambo-3.4.1/bin
# [FFT] Goedecker Fast Fourier transform with 0 cache
#
# [ ] Double precision
# [X] Redundant compilation
# [X] MPI
# [ ] OpenMP
# [X] PW (5.0) support
# [ ] ETSF I/O support
# [ ] SCALAPACK
# [X ] NETCDF/HDF5/Large Files
# [XX ] Built-in BLAS/LAPACK/LOCAL
#
# [ CPP ] gcc -E -P
# [ C ] gcc -g -O2 -D_C_US -D_FORTRAN_US
# [MPICC] mpicc -g -O2 -D_C_US -D_FORTRAN_US
# [ F90 ] gfortran -O3 -mtune=native
# [MPIF ] mpif90 -O3 -mtune=native
# [ F77 ] gfortran -O3 -mtune=native
# [Cmain]
# [NoOpt] -O0 -mtune=native
#
# [ MAKE ] make
# [EDITOR] vim
#


this is my error message after typing sudo make yambo interfaces:
...
`nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x47bc): Nicht definierter Verweis auf `H5Pcreate'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x498a): Nicht definierter Verweis auf `H5Pset_layout'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x49a3): Nicht definierter Verweis auf `H5Screate_simple'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4a15): Nicht definierter Verweis auf `H5Tclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4a26): Nicht definierter Verweis auf `H5Pclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4a37): Nicht definierter Verweis auf `H5Pclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4a46): Nicht definierter Verweis auf `H5Sclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4add): Nicht definierter Verweis auf `H5Pset_fletcher32'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4ba7): Nicht definierter Verweis auf `H5Pset_fill_value'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4be7): Nicht definierter Verweis auf `H5Tclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4c23): Nicht definierter Verweis auf `H5Pset_deflate'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4c37): Nicht definierter Verweis auf `H5Screate'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4c64): Nicht definierter Verweis auf `H5Pset_attr_creation_order'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4ca9): Nicht definierter Verweis auf `H5Dcreate2'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4cdc): Nicht definierter Verweis auf `H5DSset_scale'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4d65): Nicht definierter Verweis auf `H5Screate_simple'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4d76): Nicht definierter Verweis auf `H5open'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4d7d): Nicht definierter Verweis auf `H5T_NATIVE_INT_g'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4d96): Nicht definierter Verweis auf `H5Acreate1'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4db0): Nicht definierter Verweis auf `H5open'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4db7): Nicht definierter Verweis auf `H5T_NATIVE_INT_g'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4dc7): Nicht definierter Verweis auf `H5Awrite'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4ddd): Nicht definierter Verweis auf `H5Sclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4dfa): Nicht definierter Verweis auf `H5Aclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x4fea): Nicht definierter Verweis auf `H5Pset_shuffle'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x508a): Nicht definierter Verweis auf `H5Pset_chunk'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x50b3): Nicht definierter Verweis auf `H5Pset_fill_value'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x51ea): Nicht definierter Verweis auf `H5DSattach_scale'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_rec_write_metadata':
(.text+0x5255): Nicht definierter Verweis auf `H5Pset_chunk_cache'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_get_vara':
(.text+0x5412): Nicht definierter Verweis auf `H5Dopen2'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_get_vara':
(.text+0x542c): Nicht definierter Verweis auf `H5Dget_space'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_get_vara':
(.text+0x5450): Nicht definierter Verweis auf `H5Sget_simple_extent_dims'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_get_vara':
(.text+0x5737): Nicht definierter Verweis auf `H5Sclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_get_vara':
(.text+0x5748): Nicht definierter Verweis auf `H5Sclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_get_vara':
(.text+0x5757): Nicht definierter Verweis auf `H5Pclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_get_vara':
(.text+0x5906): Nicht definierter Verweis auf `H5Sget_simple_extent_type'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_get_vara':
(.text+0x5915): Nicht definierter Verweis auf `H5Screate'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_get_vara':
(.text+0x5995): Nicht definierter Verweis auf `H5open'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_get_vara':
(.text+0x599c): Nicht definierter Verweis auf `H5P_CLS_DATASET_XFER_g'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_get_vara':
(.text+0x59a3): Nicht definierter Verweis auf `H5Pcreate'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_get_vara':
(.text+0x59ce): Nicht definierter Verweis auf `H5Dread'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_get_vara':
(.text+0x5c2c): Nicht definierter Verweis auf `H5Sselect_hyperslab'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4hdf.o): In Funktion `nc4_get_vara':
(.text+0x5c46): Nicht definierter Verweis auf `H5Screate_simple'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4internal.o): In Funktion `nc4_rec_find_hdf_type':
(.text+0x257): Nicht definierter Verweis auf `H5Tequal'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4internal.o): In Funktion `nc4_find_dim_len':
(.text+0x615): Nicht definierter Verweis auf `H5Dget_space'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4internal.o): In Funktion `nc4_find_dim_len':
(.text+0x623): Nicht definierter Verweis auf `H5Sget_simple_extent_type'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4internal.o): In Funktion `nc4_find_dim_len':
(.text+0x65c): Nicht definierter Verweis auf `H5Sclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4internal.o): In Funktion `nc4_find_dim_len':
(.text+0x6b8): Nicht definierter Verweis auf `H5Sget_simple_extent_ndims'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4internal.o): In Funktion `nc4_find_dim_len':
(.text+0x709): Nicht definierter Verweis auf `H5Sget_simple_extent_dims'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4internal.o): In Funktion `type_list_del':
(.text+0x1441): Nicht definierter Verweis auf `H5Tclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4internal.o): In Funktion `type_list_del':
(.text+0x1459): Nicht definierter Verweis auf `H5Tclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4internal.o): In Funktion `nc4_att_list_del':
(.text+0x15b9): Nicht definierter Verweis auf `H5Tclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4internal.o): In Funktion `nc4_rec_grp_del':
(.text+0x17f1): Nicht definierter Verweis auf `H5Dclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4internal.o): In Funktion `nc4_rec_grp_del':
(.text+0x1814): Nicht definierter Verweis auf `H5Tclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4internal.o): In Funktion `nc4_rec_grp_del':
(.text+0x1834): Nicht definierter Verweis auf `H5Tclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4internal.o): In Funktion `nc4_rec_grp_del':
(.text+0x1888): Nicht definierter Verweis auf `H5Dclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4internal.o): In Funktion `nc4_rec_grp_del':
(.text+0x18e6): Nicht definierter Verweis auf `H5Gclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4var.o): In Funktion `nc_def_var_nc4':
(.text+0xa86): Nicht definierter Verweis auf `H5Tget_native_type'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4var.o): In Funktion `nc4_reopen_dataset':
(.text+0x10bc): Nicht definierter Verweis auf `H5open'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4var.o): In Funktion `nc4_reopen_dataset':
(.text+0x10c3): Nicht definierter Verweis auf `H5P_CLS_DATASET_ACCESS_g'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4var.o): In Funktion `nc4_reopen_dataset':
(.text+0x10ca): Nicht definierter Verweis auf `H5Pcreate'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4var.o): In Funktion `nc4_reopen_dataset':
(.text+0x10f0): Nicht definierter Verweis auf `H5Pset_chunk_cache'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4var.o): In Funktion `nc4_reopen_dataset':
(.text+0x10fc): Nicht definierter Verweis auf `H5Dclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4var.o): In Funktion `nc4_reopen_dataset':
(.text+0x110f): Nicht definierter Verweis auf `H5Dopen2'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4var.o): In Funktion `nc4_reopen_dataset':
(.text+0x111d): Nicht definierter Verweis auf `H5Pclose'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4var.o): In Funktion `NC4_rename_var':
(.text+0x1f25): Nicht definierter Verweis auf `H5Gmove'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-ocinternal.o): In Funktion `ocinternalinitialize':
(.text+0xb2): Nicht definierter Verweis auf `curl_version_info'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4type.o): In Funktion `NC4_inq_type_equal':
(.text+0x307): Nicht definierter Verweis auf `H5Tequal'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-curlfunctions.o): In Funktion `ocset_curl_flags':
(.text+0xb3): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-curlfunctions.o): In Funktion `ocset_curl_flags':
(.text+0xd3): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-curlfunctions.o): In Funktion `ocset_curl_flags':
(.text+0xf2): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-curlfunctions.o): In Funktion `ocset_curl_flags':
(.text+0x11d): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-curlfunctions.o): In Funktion `ocset_curl_flags':
(.text+0x131): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-curlfunctions.o):(.text+0x14b): Weitere nicht definierte Verweise auf `curl_easy_setopt' folgen
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchhttpcode':
(.text+0x111): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_getinfo'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchurl_file':
(.text+0x151): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchurl_file':
(.text+0x169): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchurl_file':
(.text+0x174): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_strerror'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchurl_file':
(.text+0x1b4): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchurl_file':
(.text+0x1ca): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchurl_file':
(.text+0x1df): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_perform'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchurl_file':
(.text+0x208): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_getinfo'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchurl':
(.text+0x238): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchurl':
(.text+0x250): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchurl':
(.text+0x25b): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_strerror'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchurl':
(.text+0x294): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchurl':
(.text+0x2aa): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchurl':
(.text+0x2b2): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_perform'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchurl':
(.text+0x2d2): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_getinfo'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchurl':
(.text+0x30d): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_strerror'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `occurlopen':
(.text+0x33d): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_init'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `occurlopen':
(.text+0x359): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `occurlopen':
(.text+0x379): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchlastmodified':
(.text+0x3d7): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchlastmodified':
(.text+0x3f1): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchlastmodified':
(.text+0x405): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_setopt'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o):(.text+0x419): Weitere nicht definierte Verweise auf `curl_easy_setopt' folgen
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchlastmodified':
(.text+0x45d): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_perform'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchlastmodified':
(.text+0x468): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_strerror'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `ocfetchlastmodified':
(.text+0x4ab): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_getinfo'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(liboc_la-http.o): In Funktion `occurlclose':
(.text+0x3a6): Nicht definierter Verweis auf `curl_easy_cleanup'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4attr.o): In Funktion `NC4_rename_att':
(.text+0x11d1): Nicht definierter Verweis auf `H5Adelete'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4attr.o): In Funktion `NC4_rename_att':
(.text+0x126e): Nicht definierter Verweis auf `H5Adelete'
/usr/local/bin/yambo-3.4.1/lib/libnetcdf.a(libnetcdf4_la-nc4attr.o): In Funktion `NC4_del_att':
(.text+0x142f): Nicht definierter Verweis auf `H5Adelete'
/usr/local/lib/libmpich.so: Nicht definierter Verweis auf `cudaGetDeviceCount'
/usr/local/lib/libmpich.so: Nicht definierter Verweis auf `cudaGetDeviceProperties'
collect2: error: ld returned 1 exit status
make[1]: *** [yambo] Fehler 1
make[1]: Verlasse Verzeichnis '/usr/local/bin/yambo-3.4.1/driver'
make: *** [yambo] Fehler 2
pi1@QuanQal2:/usr/local/bin/yambo-3.4.1$

Whats wrong with my netcdf...

please help
thanks and regards
Stephan

[myrta gruning]

Dear Stephan

There is nothing wrong with the netcdf you built.
Simply it is linked to some libraries and you need to link them to yambo too.
As it depends on the netcdf configure and compilation there is no general recipe I can give to you. However as you compiled it you should be able to get the list of libraries you need to specify during the configure (--with-netcdf-link=<path>)
For example, in my case I grepped the config.log from the configure of the netcdf

Code: Select all

grep LIBS ../../netcdf-4.1.3/config.log 
configure:27816: checking value of LIBS
ac_cv_env_LIBS_set=
ac_cv_env_LIBS_value=
LIBS='-lhdf5_hl -lhdf5 -lm -lz -lcurl '
NC_FLIBS='-lnetcdff -lnetcdf'
NC_LIBS='-lnetcdf'

Best
m